Le comité exécutif est composé de sept personnes provenant du conseil d'administration.

Le comité exécutif se réunit autant de fois qu'il est nécessaire. Il administre les affaires de la FQM, conformément aux orientations et dans le cadre du budget approuvé par le conseil d'administration. Le comité est également autorisé à proposer au conseil des orientations et des objectifs pour la FQM et à étudier toute recommandation relative à l'amélioration du contrôle interne et des procédés de gestion.

Il est composé des élus suivants :

• Bernard Généreux, président (Saguenay–Lac-Saint-Jean);
• Serge Fortin, vice-président (Bas-Saint-Laurent);
• Richard Lehoux, vice-président (Chaudière-Appalaches);
• Paulette Lalande (Outaouais);
• Joël Arseneau (Gaspésie–Îles-de-la-Madeleine)
• Gaétan Morin (Lanaudière);
• Gilles Plante (Montérégie).