Le comité exécutif est composé de seize personnes provenant du conseil d'administration, à raison d'un représentant par région administrative, d'un représentant des municipalités dont le territoire forme celui de la Communauté métropolitaine de Montréal et d'un administrateur représentant les municipalités dont le territoire forme celui de la Communauté métropolitaine de Québec.

Le comité exécutif se réunit autant de fois qu'il est nécessaire. Il administre les affaires de la FQM, conformément aux orientations et dans le cadre du budget approuvé par le conseil d'administration. Le comité est également autorisé à proposer au conseil des orientations et des objectifs pour la FQM et à étudier toutes recommandations relatives à l'amélioration du contrôle interne et des procédés de gestion.

Il est composé des élus suivants :

• Bernard Généreux, président (Saguenay-Lac-Saint-Jean);
• Serge Fortin, premier vice-président (Bas-Saint-Laurent);
• Pierre Gaudet, deuxième vice-président (Centre-du-Québec);
• Normand Bolduc (Capitale-Nationale);
• Marcel-P. Marchand (Mauricie);
• Jean-Claude Dumas (Estrie);
• Paulette Lalande (Outaouais);
• Philippe Barette (Abitibi-Témiscamingue);
• Georges-Henri Gagné (Côte-Nord);
• Jean-Guy Poirier (Gaspésie-Îles-de-la-Madeleine);
• Jean-Marc Paquet (Chaudière-Appalaches);
• Gaétan Morin (Lanaudière);
• Ronald Provost (Les Laurentides);
• Albert Santerre (Montérégie);
• Michel Giroux (Communauté métropolitaine de Québec);
• Gilles Plante (Communauté métropolitaine de Montréal).