L'assemblée générale des membres constitue la première instance de la FQM. Elle se tient une fois par année à l'occasion du congrès annuel. Le président ou le conseil de la FQM peut convoquer des assemblées générales spéciales. Chaque membre dispose d'un droit de vote exercé par le maire ou le préfet, dans le cas d'une MRC. Les décisions soumises à une assemblée générale annuelle ou spéciale sont prises à la majorité des voix des membres présents.

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